试管婴儿技术是一项日趋成熟的生育技术，成功率比较高，但是，也有一些风险，有一些安全隐患。
1. 女方年龄
女方年龄起着至关重要的作用。一般来说，男方即使五六十岁，对生育能力的影响都并不明显，可相对于女方来说就不行了。随着女方年龄的增长，生育能力会逐渐下降，35岁后下降明显加快，到了绝经期后就完全丧失，而且这一过程不可逆转。目前尚无药物可以使女人的生育能力“返老还童”。当然，如果条件允许，可以找第三方年轻的女性代孕。
2. 卵巢功能
卵巢功能是指卵巢对促排卵药物的反应性。卵巢功能越差，得到的卵子越少、卵子的质量越差，妊娠率就越低、流产率也就越高。卵巢功能除与年龄有关外，还与个体之间的差异有关。此外，卵巢手术、特别是卵巢囊肿剥除术、卵巢电凝术，可严重破坏卵巢结构，损坏卵巢的功能。
所以，未孕青年妇女应尽可能避免卵巢囊肿剥除术，实在必须进行剥除的，应尽可能多保留卵巢组织，应避免进行卵巢切除。目前，超声引导下进行囊肿穿刺，并配合药物治疗的方法，经实践证明效果非常理想，这种治疗方案不仅无痛苦，而且不破坏卵巢组织，最大程度地保护了卵巢功能。其他技术，如卵巢单纯性囊肿应用介入超声治疗效果也很好。
3. 输卵管积水
输卵管积水也是不孕症的一个重要原因。同时，输卵管积水患者若希望怀一个试管婴儿，其妊娠率也低于无积水者，且流产率、以及宫外孕发生率会大大增加。数据显示，输卵管积水使得试管婴儿的怀孕率及着床率减低50%，使得流产率提高2倍。
也就是说，试管婴儿的成功率在20%～30%的话，如果存在输卵管积水，那么成功率就会将至10%～15%，流产率也会提高。所以，在试管婴儿治疗之前，治疗输卵管积水就显得至关重要。
试管婴儿的安全因素
从目前的各种文献来看，生试管婴儿带来的风险主要有：
1、使用试管婴儿技术，使精子失去了优胜劣汰竞争机会，可能将带微缺失的Y染色体遗传下去。容易造成流产死胎，先天畸形等缺陷。
2、如果女性身体不具备孕育条件，比如内分泌紊乱，黄体功能不全，有过流产史。即使施行试管婴儿手术成功，也可能造成流产。
3、可能出现伦理道德问题。地下精子库的不规范增加了人工授精的许多伦理问题。有些机构对精子没有严格把关，精子来源不明。无法保证胎儿质量。
4、增加了多胎妊娠风险：多胎妊娠的孕妇并发症多，早产发生率及围生期死亡率高，属高危妊娠范围。所以医患双方都希望得到单胎，最多是双胎妊娠。
5、成本效益高，即获得每一个后代的成本高：做一次人工受孕需要2～3万人民币，受孕率15﹪。多次的话，受孕率能提高至37%左右，甚至更高；
6、对女性生理的干扰较大。刺激排卵导致卵巢反应低下，易出现于卵巢功能早衰，年轻女性于40岁以前闭经、卵巢不敏感综合征。卵巢过度刺激综合征：血液浓缩血容量减少、少尿、腹水、胸水、电解质紊乱、高凝状态、肝肾功能损害、血栓形成、成人呼吸窘迫综合征，甚至死亡。发生率为0.6﹪～14﹪。
7、通过人工受精制造的试管婴儿比自然受精得来的婴儿出生时罹患脑瘫的几率高3倍。
三份新的研究显示，在做试管受精而备的卵子中，平均有42%携带基因变异，这会让创造出来的胎儿难以顺产。一些专家暗示这归咎于用来刺激排卵的药物。为了更方便地获取卵子，医生都要给做试管受精手术的妇女事先服用排卵药物。
这个发现，预言性地推动了人们对使用胚胎植入子宫前基因诊断（PGD）的需求增加，PGD是一个检查早期胚胎的一个单细胞的不正常基因的程序。这个程序有时候可能直接就引起胚胎的死亡，但更重要的是，作为一种“搜索-消灭”的方法，它有效地减少了被认为基因不良的孩子的数量。
目前，科学家还无法准确地解释为什么试管婴儿出生后会面临更大的健康风险。一些辅助生育学（IVF）专家指出，与试管受精相关联的疾病问题的高发率可以追溯到创造孩子胚胎时所用的卵子的缺陷。
据英国广播公司报道，实验室里用来创造胚胎的卵子经常会带有基因缺陷，因此，更多的IVF专家正呼吁所有用到的卵子都要被筛选。在英国规范IVF的政策要求年龄超过35岁的妇女的卵子都要做非正常染色体数目的扫描。
首批试管婴儿都已长大成人。他们下一代的陆续出生，让试管婴儿引发的健康问题变得更加复杂。
试管婴儿技术滥用后果严重
监督辅助生殖技术国际委员会2006年6月21日发表报告说，从1978年世界首例试管婴儿诞生起，全世界共有300多万名婴儿通过试管受精方式出生。委员会专家雅克.穆宗说，全世界每年实施大约100万例试管受精手术，年出生婴儿约为20万。
试管受精技术的应用已经带来了很多问题。许多妇女认为，有了试管受精技术，她们可以无限期推迟生育，当准备好的时候付钱就可以。但大多数人并不知道试管受精的平均怀孕率仅为25.1%，生育率18.5%；也不知道这些过程很痛苦并常常有危险。
中国不育人群人数正在逐年上升，“除了先天疾病之外，许多人是自己把自己耽误了。”很多妇女由于工作压力大，总觉得生孩子的事可以先放一放，使本来具备生育能力的自己罹患不孕，而试管受精技术只适用于1%～2%的不孕妇女。
在中国，每10对育龄夫妇中就有1对不育。庞大的市场需求，使很多医疗机构纷纷开展试管受精技术。遗传学家卢光琇认为，这一技术的滥用如得不到遏制，将影响中国的人口安全。她说：“这比农民买假种子造成粮食绝收后果要严重得多，一旦试管婴儿应用、管理失控，缺陷儿、男女比例失调、近亲结婚等问题将接连出现，并严重影响中国的人口安全。”
目前，中国试管婴儿的人数已经非常惊人。据最新统计，截至2023年底，中国已有超过100万名试管婴儿出生。近年来，中国试管婴儿数量逐年增加，2018年达到25.2万人，2019年达到30.2万，比2018年增长20%，而2023年更是达到36.2万，比2019年增长20%。
试管婴儿产生的先天缺陷风险
澳大利亚研究人员对837名通过试管混合法产下的婴儿,以及301名通过精子注射法产下的婴儿与4000名普通婴儿进行对比发现, 试管婴儿患有先天性缺陷的比例比普通婴儿高，而且，试管婴儿往往没有自然受精的婴儿聪明，患心理疾病尤其是自闭症的可能性也较大。但是，并没有研究表明这种情况到底是由父母的不孕基因导致，还是由于试管婴儿技术本来的缺陷。
美国疾病控制预防中心的流行病专家Jennita Reefhuis博士报告，试管婴儿存在先天缺陷的可能性是普通婴儿的两到四倍。试管婴儿发生先天心脏缺陷的可能性是正常婴儿的两到三倍、天生唇裂的风险是普通婴儿的两倍，先天肠胃缺陷的风险是普通婴儿的四倍。即使风险更高，但这些生理缺陷确实发生在试管婴儿身上的案例依然很少见，且还不清楚风险攀升的致因。
胚胎筛选争议
试管婴儿技术的初衷并非是通过胚胎筛选“设计”婴儿，达到有选择地决定胎儿的性别，肤色，携带致病基因等目的。反对者认为，完全排除掉仅仅是有可能患上乳腺癌的胚胎，有违伦理道德标准。 也有反对者认为，试管婴儿技术的发展，会让基因筛选在不久的将来愈演愈烈，最终变成从相貌、智力等方面对人类胚胎实现进行筛选，变成名副其实的设计出生的婴儿。该技术已经得到英国人类受精和胚胎管理局（Human Fertilisation and Embryology Authority，简称HFEA）颁发的牌照，可以为患者提供染色体检测筛选服务。
多胚胎几率增加
胚胎移植并不能保证种一个成一个，医生为了保证成功率，往往想多种几个。因此在试管技术中，双胞胎，乃至多胞胎的现象十分普遍。中国卫生部专门为此出台了操作规范，明确要求，有试管婴儿需求的产妇，35岁以下的，第一次胚胎移植的，只允许移植2个。35岁以上或者不是第一次移植的，最多不能超过3个。但即便是3个，也被认为过多。
催生商业化代孕
1996年之前，国家对于代孕问题并没有特殊规定，1996年9月22日中国出现第一例代孕母亲生产下试管婴儿，此后不久代孕成为部分逐利者的商业契机，导致大量代孕灰色产业链产生，1997年，中国卫生部出台规定，严格禁止代孕母亲的试管生产。
赠卵所致伦理争议
很多无法生育的妇女需要赠卵来进行试管婴儿手术，由于卵源不足，导致有借卵需要的母亲登记排队，其中等待赠卵的最长达四五年之久。2006年之前，不少人通过找亲戚“借卵”等方式获得卵源。 2006年后，卫生部明令任何形式的商业化赠卵和供卵行为，“赠卵”只能限于做试管婴儿的女性剩余的卵子。因卵子来源被严格限定，赠卵试管婴儿手术耗时太长、程序复杂，繁忙的大医院也无法为此付出大量的时间和精力。这就催生了“卵子黑市”。由于缺乏监控，代孕中介为追求利益可能将某一个女性的数个卵子卖给多个家庭，在不知情的状况下，其后代可能出现兄妹、姐弟结婚的人伦问题
相关阅读